Introducida a comienzo del siglo XVII por los jesuitas, sea quizás la ganadería la actividad económica más importante del departamento. Se trata de una ganadería extensiva que ocupa la sabana natural, y su grande diversidad de pastos naturales, para la producción principalmente de carne. Hay más de tres millones de cabezas de ganado en el Beni.

La agricultura tiene un prioritaria importancia para la subsistencia de la población rural. Aunque el clima es favorable, los suelos no son muy productivos. Los cultivos principales, algunos de estos originarios de la región, son la yuca, maíz, plátano, arroz (en los últimos años cultivados también en forma industrial en la sabana), frutales, etc.

En los bosques del norte y este del departamento se recolecta la castaña o almendra (nombre comercial nuez del Brasil) obtenida del árbol Bertholletia excelsa, del cual el departamento del Beni, junto al limítrofe departamento de Pando, es el principal productor mundial.

La pesca representa otro importante sector productivo, orientado siempre más hacia la venta fuera del departamento o la exportación.

La caza de lagarto, Caiman crocodylus, para la obtención de cuero, legalizada por cupo anuales hace algunos años, se ha convertido en otra actividad económica importante dirigida casi exclusivamente hacia la exportación (Italia y Francia principales importadores). Lamentablemente son escasos los controles sobre el respeto de los cupos de caza.

Para la economía de subsistencia es también importante la caza de animales silvestres.

Aunque se ha establecido la presencia de varios minerales, sobre todo en el área occidental del departamento, solo la extracción de oro tiene importancia en el sector minero (serranía de San Simón). Los bosques del Beni poseen una muy gran variedad de maderas preciosas que van desde la liviana madera balsa hasta el cuchi, del que es tan duro como el acero.